Ryûzoji Genji, l'un des premiers fabricants de baguettes magiques de l'histoire des sorciers, fonde l'Institution Japonaise des Pratiques Magiques Mahoutokoro entre 470 et 480. On raconte que ses motivations étaient le fruit d'une peur de perdre les savoirs ancestraux de la création des baguettes, ainsi que de la maîtrise de la vie magie de manière générale, qu'il voyait comme un don des dieux. D'autres rumeurs parlent d'une grande mission confiée à Ryûzoji Genji par le Tenno lui-même, ayant pour but de former les jeunes sorciers japonais et d'apporter de la stabilité et de la cohésion à la société sorcière.

Mahoutokoro est localisée dans le nord du Japon, quelque part au large de l’île d’Hokkaido, sur un grand rocher promontoire en proie au vent et aux vagues déchainées de l'océan. Ainsi, les premiers bâtiments sont de plein pied, dans un style traditionnel relativement rustique d'extérieur est sans fioritures, et dans des couleurs naturelles comme celle du bois brut. Les tendances architecturales de l'époque permettaient une assurance supplémentaire, en plus des divers sortilèges de protection, que les tempêtes n'arracheraient pas le tout de l'imposant rocher. A sa création, l'école de Mahoutokoro est extrêmement élitiste et n'accepte que les jeunes sorciers japonais de sexe masculin.

Alors que l'influence chinoise change profondément le Japon moldu lors de l'époque Asuka (538-710), le Japon sorcier est moins docile : une rivalité sans nom nait entre les sorciers de Chine et du Japon. Ces derniers se tournent davantage vers le shintoïsme et la communion avec la nature et les éléments, et une rivalité séculaire naît avec la plus ancienne école de Zhuangyán en Chine.

L'époque Heian (794-1085) voit naitre la monarchie au Japon avec l'appui des sorciers japonais de l'époque, qui voyaient d'un mauvais œil la montée en puissance du Bouddhisme lors de l'époque Nara qui a précédé (710 et 794). Fondamentalement attachés à la culture japonaise shintoïstes, les sorciers se rallient à la politique élitiste et dure du pouvoir de l'Empereur. Cette époque est considérée comme l'âge d'or de l'art et de la tradition Japonaise.

Lors de l'époque Kamakura (1085-1333), les samouraïs montent en puissance au sein du Japon, forçant ainsi l'évolution des traditions d'enseignement au sein de la communauté sorcière : les jeunes hommes de Mahoutokoro sont désormais davantage formés afin de devenir les plus puissants des samouraïs sorciers, prêts à se mettre au service de l'Empereur.

À partir de 1336 (époque Muromachi, jusque 1477), les arts se développent beaucoup dans la culture japonaise. C'est alors que l'école de Mahoutokoro prend une décision qui bouleverse la société sorcière du pays : l'intégration des jeunes filles dans l'école. Séparés des jeunes hommes qui suivent leur entrainement de samouraïs sorciers, ces dernières sont éduquées aux arts tels que la cérémonie du thé ou le théâtre, en plus de l'enseignement magique de base. La naissance de l'école indienne de Jadugara marquera le début d'une nouvelle rivalité tripartite entre Zhuangyán, Jadugara et Mahoutokoro pour le titre de meilleure école d'Asie, avec la création du Tournoi des Pagodes en 1460, dont Mahoutokoro reviendra victorieux. Une seule autre édition, en 1470, aura lieu avant une longue interruption de plus d'un siècle.

L'époque de Sengoku (1477-1573) fut riche en batailles du fait d'une guerre civile perpétuelle entre provinces japonaises. En aura résulté l'abandon de beaucoup d'étudiants provenant d'autres provinces, craignant des représailles à cause de leurs origines. D'autres de ces élèves sont malgré tout restés. Ainsi, l'école a créé un uniforme imprégné de magie qui devient blanc lorsque l'on rompt le code des sorciers japonais. Ce dernier fut instauré afin de ne pas répéter les erreurs de l'époque Kamakura et d'assurer une indépendance des sorciers face au gouvernement japonais moldu et à leurs propres guerres. La guerre civile cessa quelque part entre 1573 et 1603, marquant la réintégration des jeunes sorciers de tout le Japon au sein de Mahoutokoro, et la reprise du Tournoi des Pagodes en 1610, puis tous les dix ans.

Vers les années 1690, L'école de sorcellerie japonaise fut reconnue par la Confédération Internationale des Sorciers, et figura désormais dans la liste des, actuellement treize, écoles de magie reconnues à l'international. À cette même époque, un groupe de sorciers de l'école de Poudlard se perd en mer d'Okhotsk pendant leur tour du monde en balai. Non-habitués à cette météo déchainée, les étudiants sont finalement sauvés par des membres du personnel de l'école Mahoutokoro. Pendant leur convalescence, les étudiants de Poudlard apprirent le sport magique du Quidditch aux élèves japonais.
Peu de temps après, en 1700, Mahoutokoro revient une nouvelle fois victorieux du Tournoi des Pagodes, cette fois avec leur toute première première championne. Cette victoire marque le début d'une ère plus tolérante envers les jeunes filles de l'académie.

Dans les années 1853 à 1868, le Japon se retrouva largement ouvert aux Etats Unis d'Amérique. Cela provoqua une grande industrialisation et modernisation du monde moldu, et davantage de réticence de la part des sorciers japonais très attachés à leur culture et leurs traditions. L'écart entre le monde moldu et le monde sorcier au Japon se creusa plus que jamais. Ce dernier, en plus d'entretenir une rivalité avec la Chine, prit le même chemin avec les Etats Unis. L'école de Jadugara se retire du Tournoi des Pagodes en 1860 suite à une édition de 1850 désastreuse et des troubles dans le pays.

L'ère Meiji (1868-1912), caractérisée par de nombreuses conquêtes et batailles victorieuses des japonais, marque le deuil des relations entre l'état moldu et le tout nouveau gouvernement sorcier indépendant qui ne souhaitent pas reproduire les erreurs de l'époque de Sengoku. Les sorciers ne prendront plus part aux guerres des non-magiques, conformément au code des sorciers japonais qui entérine la séparation stricte des deux mondes.

L'ère Heisei (1989-2019) correspond à un véritable rayonnement culturel du pays dans le monde, moldu comme sorcier. Un grand sentiment de compétition s'est développé envers les autres écoles de magie, ce qui a induit un changement dans les coutumes de l'école. Désormais, seuls les meilleurs élèves qui gagnent leur place sont autorisés à terminer leurs études au sein de l'école. Les uniformes, grâce à leur enchantement pour changer de couleur, indique les élèves le plus mauvais avec une couleur blanche éclatante. Un tri sur le volet permet de les éliminer. Le Tournoi des Pagodes de 2010 n'a pas lieu suite à guerre de succession à la tête de l'école de magie chinoise de 2009.

À partir de l'ère Reiwa (2019), le Japon, aussi bien pour les moldus que pour les sorciers, semble plus stable. En 2029, un nouveau porte parole de l'école est désigné, en la personne de Genkishi Ryûzoji. Ce dernier travaille activement à l'ouverture de l'école sur le monde sorcier. D'une certaine manière, cela peut être considéré comme une réussite si l'on en croit les victoires des éditions 2030 et 2040 du Tournoi des Pagodes. Ce seront en revanche les dernières éditions du tournoi.
Le 20 mars 2046, comme beaucoup d'écoles, Mahoutokoro se voit contrainte d'envoyer plusieurs de ses meilleurs élèves pour concourir dans le Dominion. Un élève, Kazuo Shimizu, n'en revint pas. Ce fut un coup dur pour l'école, qui redoubla d'effort pour se démarquer et atteindre la perfection. Depuis novembre 2046, c'est sur un plan différent que Mahoutokoro oeuvre, en participant au programme d'échanges AMICO.