Les origines de Jadugara remontent à 1451 lorsque, après de nombreuses années passées au service de la dynastie Sayyid du Sultanat de Delhi, Chinmayi Sita s'établit avec ses deux apprentis dans les montagnes du Nainital, dans le Nord de l'Inde. Aidés par sa publication du désormais célèbre Botanicon, sa sagesse et son savoir ont commencé à se diffuser dans les communautés sorcières des alentours jusqu'à ce qu'on compte une vingtaine de sorciers rassemblés dans ce lieu trois ans plus tard.

Il faut toutefois attendre 1456 pour que la fondation officielle de l'école ait lieu avec la construction de sa première tour : alors que des élèves s'y installent, elle est nommée Jadugara, contraction de jadugar (sorcier) et gara (ciment) en hindi, en symbole de cette tour et des valeurs ayant rassemblé les premiers professeurs. Pendant les décennies suivantes et alors que les deuxième et troisième tours de l'école sont sculptées dans les parois rocheuses alentours, Jadugara grandit lentement et sûrement en taille et réputation, toujours sous la direction de Chinmayi Sita. C'est également à cette période que le Tournoi des Pagodes est mis en place avec Zhuangyán et Mahoutokoro, avant d'être arrêté au bout de deux éditions à cause des évènements autour de cette dernière. Par la suite, Chinmayi Sita finit toutefois par quitter son poste au début du XVIe siècle pour le laisser à un de ses apprentis, mais reste dans ce lieu qu'elle a fondé jusqu'à sa mort au pied d'un rocher. C'est à cet endroit et en son hommage qu'est sculptée la quatrième tour, le réceptacle du savoir de l'école, sa bibliothèque.

Des bouleversements politiques ont cependant lieu dans la région alors qu'en 1526, l'Empire moghol voit le jour. Dès l'année suivante et après de courtes négociations, l'Assemblée Magique Moghole reconnaît officiellement Jadugara, ce qui triple son nombre d'étudiants en quelques mois. Par la suite, en 1579, deux élèves ayant réussi les épreuves du cinquième cercle laissent derrière eux une école changée : l'un sculpte la dernière tour de Jadugara tandis que le second, Badami Chalukya, détourne les Chutes de l'Homme Saule. D'immenses verrières viennent ensuite s'ajouter à l'ensemble de bâtiments au cours du XVIIe siècle afin d'enrichir le patrimoine végétal de l'école, mais aussi celui bibliographique au travers des premiers contacts avec les sorciers britanniques. C'est également à cette époque, en 1610, que le Tournoi des Pagodes fait son retour.

Au XVIIIe siècle, le nouvellement établi Code du Secret Magique vient modifier certains enseignements de Jadugara : afin de préparer les nouvelles générations de sorciers, l'institution instaure ses premiers cours d'Étude et régulation des créatures magiques. Les professeurs de l'école sont également particulièrement séduits par l'approche philosophique magique d'Arnold Obermayer, et commencent à répandre les idées de la Nouvelle Magie au sein de celle-ci, allant jusqu'à modifier l'épreuve du cinquième cercle en ce sens.

Cependant, la révolte des cipayes de 1856-1857 fait tomber l'Empire moghol, et avec lui les instances sorcières du pays. Si Jadugara ne prend pas position dans le conflit, il faut noter que certains de ses étudiants favorisent un camp ou l'autre dans leurs tentatives de soigner les blessés, en particulier dans les villages semi-magiques. Lorsque le Raj britannique est ensuite formé, l'école est mise sous tutelle du Ministère de la Magie Britannique. C'est à cette occasion que Jadugara indique qu'avec ces évènements et les morts dans des circonstances douteuses dans la dernière édition du Tournoi des Pagodes, elle ne participera plus par la suite. La tutelle du Ministère dure jusqu'en 1876 : à ce moment-là, alors que la reine Victoria est proclamée impératrice des Indes, Jadugara prend son indépendance de celui-ci et est dans la foulée reconnue par la Confédération Internationale des Sorciers. Il faut cependant attendre l'indépendance de l'Inde en 1947 pour qu'un nouveau gouvernement sorcier voie le jour en Inde et que l'école s'y rattache.

Le directeur actuel, Gajandra Ekachakra, prend poste en 1996. Il devient ensuite le doyen des directeurs des écoles de Magie reconnues par la Confédération Internationale des Sorciers lorsque en 2045, Issa Sidiki démissionne de son poste de directeur d'Uagadou. C'est pendant cette même année que Jadugara envoie quatre de ses élèves dans le Dominion, parmi lesquels Soan Avninder, Jwala Dvivedi et Asha Korapati. L'année suivante, l'école rejoint le programme AMICO porté par Poudlard.